此六棟建築為國定古蹟，故在修復設計完全依循著文化資產保存法下之規範，除了具備國定古蹟修復資格的建築師、施工廠商施作外，為求更佳修復成果，管理單位國立臺灣博物館，在每週例行的工務會議外，還邀請古蹟修復及工程相關的督導委員，建立督導機制。此外，修復期間亦有多次的中央工程會及文化部工程單位之查核。除了督導管理之外，亦配合修復工程的進程，邀請日本瓦作、灰泥作的匠師來臺與實際施作匠師交流，並將交流的經驗運用到本修復工程中，在在都使本案能有現在的修復品質之保證。
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